Os principais desafios enfrentados pelos auditores durante a execução das auditorias estão relacionados com a fase anterior - o planejamento; bem como, com a interpretação e a análise dos fatos encontrados e da forma da evidenciação e da comunicação dos resultados. Para uma execução de auditoria eficiente e eficaz, os elementos do planejamento deveriam ter sido bem conhecidos, identificados e definidos, tais como: o conhecimento sobre a entidade e o objeto auditado; a correta identificação e avaliação de riscos relevantes sobre eventos que possam ocorrer e impactar o objeto auditado; a seleção dos auditores capacitados para compor a equipe; os recursos de tecnologia disponíveis; a adequada formulação das questões de auditoria; e a apropriada definição dos testes de auditoria. Qualquer um desses elementos, que não tenham sido bem planejados anteriormente, pode prejudicar o andamento da execução da auditoria. Afinal, o plano/programa de auditoria funciona como um guia para a execução dos trabalhos. Outros desafios estão relacionados com a disponibilização do acesso às informações necessárias para a avaliação do auditor (nem sempre todas as informações necessárias à execução do trabalho são disponibilizadas de forma tempestiva pela área auditada); com a validação dos pontos verificados pela equipe de auditoria junto ao gestor; e à correta identificação das causas e consequências dos achados encontrados. Além desses desafios, o auditor precisa executar os testes de forma adequada, desde a obtenção das informações até a comunicação dos resultados, envolvendo: uma coleta de informações objetivas à execução do trabalho e que evidenciem as constatações e a opinião da equipe de auditoria de forma confiável, suficiente e apropriada; uma correta análise de dados e suas conclusões, que vão depender da capacidade técnica e intelectual do auditor; a organização dos papéis de trabalho, contendo as evidências e análises que darão suporte às conclusões, ao relatório da auditoria, às revisões do trabalho e às futuras consultas; e a qualidade do relatório da auditoria, no qual a comunicação transparente dos resultados dos testes, dos achados, da conclusão/opinião, e ainda, de possíveis recomendações de auditoria deve ser elaborada considerando os critérios de objetividade, clareza, completude, concisão, utilidade, precisão e tempestividade.

Um desafio é o plano de trabalho que deve conter todos os procedimentos e o roteiro detalhado das atividades e a verificação a ser realizada. Sem um plano adequado a execução poderá ser comprometida. A organização de dados e a busca de evidências (sua validade, confiabilidade, relevância e suficiência) para responder as questões de auditoria são essenciais. A identificação dacausa ou causas dos achados de auditoria, base para as recomendações, requer conhecimento profundo da unidade auditada e capacidade de inferência por parte do auditor. Contribui para superação dos desafios: estudo prévio do plano de trabalho, foco no escopo, saber diferenciar entre evidências e indícios, registros detalhado de todo trabalho e capacitação e experiência da equipe de auditoria.

Todas as fases do trabalho de auditoria são importantes para uma avaliação eficaz. Durante o trabalho de campo o auditor coleta as evidências que darão suporte ao relato para a emissão de opinião pela equipe de auditoria e fiscalização. Essa fase de execução dos trabalhos deve ser devidamente documentada com a concomitante produção de coleta de papéis de trabalho completos e adequados, se tornando indispensável para uma avaliação eficaz e transparente da entidade.

Os auditores enfrentam desafios como a complexidade das atividades governamentais, disponibilidade de informações, limitações de recursos, resistência à auditoria e mudanças normativas. Para superá-los e garantir uma avaliação eficaz e transparente da gestão pública, é essencial investir em capacitação da equipe, melhorar a coleta e análise de dados, realizar um planejamento estratégico, promover a comunicação e engajamento com as áreas auditadas, manter-se atualizado sobre mudanças legislativas e normativas, e assegurar a transparência no processo de auditoria, divulgando os resultados de forma acessível à sociedade.

Durante a fase de execução do planejamento elaborado pela equipe da auditoria podem surgir diversos desafios em cada uma das etapas. As etapas da fase de execução incluem revisão do plano de trabalho, desenvolvimento dos trabalhos de campo, análise dos dados coletados, elaboração dos achados de auditoria e validação dos achados com o gestor. Na fase de coleta de informações, durante o trabalho de campo, deve-se ter o cuidado de buscar dados que forneçam evidências para as questões levantadas na fase do planejamento, ou seja selecionar as informações relevantes e evitar dados não relacionados às questões levantadas nessa fase. Tais evidências, por outro lado, devem possuir uma série de atributos tais como: validade, confiabilidade, relevância e suficiência. Evidências de uma única fonte (por exemplo, apenas do gestor) constitui um ponto de fragilidade e deve-se buscar comprovação com outras fontes documentais ou testemunhais. Evidencias conflitantes ou não representativas também constituem outra fragilidade. Os achados da auditoria referem-se aos dados coletados e analisados e que apontam evidências de que a situação encontrada apresenta discrepância com os critérios adotados na fase de planejamento, por exemplo, normas e regulamentos do órgão de gestão. A auditoria pode então apresentar recomendações para superação dos problemas constatados apresentando as causas e o que pode ser modificado para evitar repetições de discrepâncias. Desafio relevante também é constituir documentação dos trabalhos da auditoria, seja na fase de planejamento ou execução, com plano de trabalho, informações sobre a equipe da auditoria, documentação analisada, critérios utilizados, a sequência das ações, registro das evidências e recomendações para o gestor. Dessa forma, a auditoria pode contribuir com uma administração pública eficaz e transparente na colaboração com o gestor na detecção de pontos frágeis e sua correção.

Os principais desafios enfrentados pelos auditores durante a execução de auditorias no contexto governamental estão relacionados com a qualidade das evidências a serem coletadas, restrição de acesso a dados e informações, recursos escassos e as dificuldades inerentes à coleta de dados in loco.
Para garantir uma avaliação eficaz e transparente da gestão pública, esses desafios podem ser superados justamente no planejamento adequado das ações a serem executadas, reunindo conhecimento pertinentes, além da constante atualização acerca dos normativos que regem os procedimentos fiscalizatórios.

Os principais desafios encontrados pelos auditores durante a execução de auditoria no contexto governamental são: fragilidades em evidências baseadas em apenas uma fonte; testemunhas não corroboradas por documento ou observação; cujo custo de obtenção não atende a critérios de custo-benefício. Os desafios citados podem ser superados por meio da capacitação do pessoal envolvidos com a execução; com a adequação dos recursos humanos, materiais ou financeiros, dentre outros.

Dentre os desafios na execução da auditoria se descreve eventuais fragilidades das evidências – como única fonte, testemunhas não corroboradas por documentos, custo de obtenção não atende a critérios de custo-benefício, evidências conflitantes, bem como o desafio com perda de foco no trabalho de campo, e falta de sistematização dados para análise. O plano de trabalho prévio com matriz de planejamento e descrição das ações, bem como organização dos papeis de trabalho, permitem superar os desafios na execução de auditoria garantindo uma avaliação mais eficaz e transparente.

Os desafios enfrentados por auditorias públicas podem incluir a falta de acesso a informações relevantes e confiáveis, resistência por parte dos órgãos auditados, recursos limitados, complexidade e diversidade dos processos governamentais, bem como a necessidade de lidar com questões políticas e burocráticas. Além disso, as mudanças legislativas e regulatórias frequentes, a necessidade de atualização constante das técnicas de auditoria e a pressão por resultados rápidos e significativos também representam desafios. Outras questões incluem a necessidade de manter a independência e imparcialidade, garantir a segurança da equipe de auditoria e lidar com questões éticas e de integridade. Em resumo, os desafios enfrentados por auditorias públicas são variados e exigem habilidades específicas, resiliência e capacidade de adaptação para serem superados com sucesso.

Durante a realização da fase de execução das atividades de auditoria no âmbito da administração pública, os auditores enfrentam alguns desafios decorrentes da complexidade inerente à análise de diferentes realidades e estruturas organizacionais. O enfrentamento desses aspectos perpassa pelo planejamento consistente e bem estruturado, englobando, também, o conhecimento organizacional do órgão auditado, das leis e da administração e finanças públicas.
Os maiores desafios estão na destinação de recursos suficientes que contemplem todo o processo, permitindo um trabalho consistente e efetivo; na coleta de evidências significativas e na independência da auditoria, que perpassa pelo acesso irrestrito dos agentes a sistemas, documentos e informações produzidas e mantidas pelo órgão.